Historia
La Comisión Internacional para la Exploración del Mediterráneo se había reunido bajo los auspicios del Príncipe Alberto I de Mónaco en Roma en 1913, ratificándose sus acuerdos en Madrid en 1914 en presencia del Rey de España y creándose entonces el Instituto Español de Oceanografía a partir de los Centros ya existentes de Palma de Mallorca, Santander y Málaga. Por tanto la creación de la primera estación oceanográfica en Málaga debe datar del periodo comprendido entre 1908 y 1914 y muy posiblemente ente 1910 y 1912, tras la conferencia de Odón de Buen en la ciudad.
En sus orígenes el Laboratorio fue instalado provisionalmente en el barrio de La Malagueta, ocupando poco tiempo después un edificio en el puerto, con cuartos de trabajo independientes, laboratorios de Química, Oceanografía y Biología, un Museo sumamente rico en especies interesantes y varios depósitos de abundante material para pescas y para la labor oceanográfica, un cuarto de fotografía, etc.
Para realizar los trabajos en el mar l Laboratorio contaba para sus trabajos con el balandro Averroes, posteriormente sustituido por el velero Príncipe Alberto I de Mónaco que cambiaría su nombre por el de Xauen (27/03/33).
En 1914 se crea el Instituto Español de Oceanografía y se concretan las líneas de actuación del Laboratorio de Málaga como parte integrante del Instituto nacional.
El 27 de Octubre de 1914 se realiza la primera campaña de investigación marina en aguas de Málaga, a bordo del buque de la marina de guerra Nuñez de Balboa y bajo la dirección del propio Odón de Buen.
Este primer periodo se caracteriza por los trabajos en el área comprendida entre Baleares y Cabo San Vicente, con especial atención al Estrecho de Gibraltar. Se inician los trabajos de investigación de los recursos pesqueros más importantes para Málaga y se elabora una carta litológica de los fondos de la Bahía de Málaga. Comienzan a recibirse visitas nacionales e internacionales realizándose igualmente algunos cursos de formación.
El consenso internacional y nacional propició la creación de un nuevo edificio, más amplio y moderno que debería ser la sede no solo del Laboratorio Oceanográfico del Instituto Español de Oceanografía, sino además la Estación Hidrográfica Internacional y Estación Biológica, gracias a los importantes trabajos de Oceanografía realizados en la zona del Estrecho principalmente. El 29 de abril de 1929 se pondría la primera piedra del nuevo edificio, con motivo de la celebración en Málaga de la reunión de la recién creada Comisión para el Mediterráneo. Unos años más tarde también se reúne en el Laboratorio la Conferencia Ibero americana de Oceanografía (1932).
En 1933 el Instituto comunica a la Junta de Obras del Puerto su deseo de que se modifique el proyecto de Oficina Hidrográfica Internacional y Estación Biológica y se incluya en el mismo un Acuario.
Al terminar la guerra civil la Marina de Guerra ocupa el edificio, que fue construido para el Laboratorio de Málaga. El Instituto Oceanográfico también se instaló finalmente en enero de 1940, al serle concedido el pabellón norte. En marzo de 1940 se autorizan los gastos para poner en marcha el acuario y la compra de especies. Los continuos problemas de fondos, obras y deterioro de la infraestructura provocan que el acuario se cierre en 1951.
La colaboración con la industria nacional se incrementa, realizándose por el Centro informes concernientes a la implantación de diversas empresas: fábrica de hielo, fabrica de aceite de cachalote y ballenas (1947), fabrica de pienso de algas (Bellón, 1948), vivero en el Morche (1961) etc. Se produce en esa época uno de los primeros informes nacionales sobre contaminación marina, referente a los vertidos de las fábricas de azúcar de Granada y Málaga que se solicitan al Director del Laboratorio (1956) y En 1948 se celebra la II Conferencia Internacional del atún en Málaga. En 1962 el Laboratorio participa en la campaña de investigación conjunta de los B/O XAUEN y SAURA (España), EUPEN (Bélgica) y ORIGNY (Francia) con reunión en Málaga al finalizar la misma. En 1963 visita el Laboratorio el buque Calipso del Comandante Cousteau. Por fin en 1965 se produce la incorporación del estudio físico del Mediterráneo, objetivo de la creación del Centro por Odón de Buen, al aumentar los especialistas en este campo en el Laboratorio de Málaga.
El respaldo económico del III Plan de Desarrollo permitió poner en marcha un nuevo programa, pero sería a partir de 1974 cuando empiezan a llegar nuevos impulsos al Centro en forma de mayores presupuestos y más personal cualificado, reiniciándose las campañas oceanográficas y pesqueras.
En 1981 el Naucrates, buque oceanográfico del Instituto, es asignado al Laboratorio de Málaga para realizar sus campañas y trabajos oceanográficos. Muchos de estos trabajos estaban incluidos en programas internacionales tales como los denominados MEDPOL, auspiciados por el PNUMA (Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente) o las campañas de colaboración, en las que Estados Unidos se asoció al I.E.O. para el estudio oceanográfico del Mar de Alborán y el Estrecho de Gibraltar, utilizándose en dicho estudio, técnicas directas (barcos) e indirectas (satélites). Por desgracia el Naucrates fue desechado en febrero de 1985 al naufragar en la costa tras un fuerte temporal.
El 1 de octubre de 1983 se inauguró el nuevo edificio del centro ubicado en Fuengirola. A partir de 1986 se inicia una reestructuración del IEO, trasformando su estructura científica y administrativa a lo señalado en la llamada Ley de la Ciencia (Ley de Fomento de la Actividad Científica y Desarrollo Tecnológico 1986. Además la entrada de España en la UE potencia las estructuras de investigación y el desarrollo de proyectos. Así, en 1986 se inicia el primer proyecto de investigación financiado por la Unión Europea en el IEO, dedicado al estudio de la pesca artesanal en Alborán. En este mismo año se inicia el periodo de mayor crecimiento del Centro Oceanográfico, tanto en personal como en actividad científica con el desarrollo de numerosos proyectos en las tres áreas de investigación del IEO: recursos vivos, medio marino y protección ambiental y cultivos.
En 1992, y ante la necesidad de un asesoramiento más intenso de las pesquerías desarrolladas en el Golfo de Cádiz, se crea la Estación de Biología Marina de Cádiz, que fue dependiente del Centro Oceanográfico de Málaga hasta la creación del nuevo Centro Oceanográfico en 2010.
Después de un largo e intenso proceso de negociaciones con autoridades locales, en 2010 se firma el Convenio de cesión de los terrenos, en el Puerto de Málaga, para la construcción de la nueva sede del Centro Oceanográfico, iniciándose así el proceso de vuelta a la ubicación original en la ciudad que lo vio nacer. En 2014 se finaliza el proyecto de construcción de la nueva sede del Centro Oceanográfico y en 2016 se finaliza el proceso de licitación la construcción de la nueva sede.