El Instituto Español de Oceanografía (IEO), único organismo español de ámbito estatal dedicado exclusivamente a la investigación marina, tiene una amplia experiencia en el seguimiento científico de vertidos accidentales de sustancias tóxicas en el mar. Antes del caso del Prestige, el IEO participó en los estudios para evaluar los efectos de los vertidos del Polycommander (1970), Urquiola (1976), Casón (1987) y Aegean Sea (1992) todos ellos en las costas de Galicia.

El IEO cuenta con dos Centros Oceanográficos en Galicia, uno en Vigo y otro en La Coruña, con un total de 51 investigadores en plantilla, a los que hay que añadir otros 11 científicos con contrato temporal con cargo a proyectos.  Además, el Centro de Vigo dispone de un "Módulo de experiencias biológicas" donde se pueden simular las condiciones del medio y estudiar sus efectos sobre los seres vivos.

En el Cantábrico, área también afectada por el vertido del Prestige, el IEO dispone de otros dos Centros Oceanográficos (Santander y Gijón), con un total de 26 investigadores de plantilla y 4 temporales. Además, en una catástrofe de estas características, el resto del personal investigador y técnico de los otros cinco Centros del Instituto repartidos por todo el litoral español está también en disposición de colaborar en los trabajos de investigación relacionados con el vertido del Prestige.

Todos los análisis de hidrocarburos que se llevan a cabo en el Centro Oceanográfico de Vigo del IEO están sometidos a un riguroso control de calidad interno y externo que avala los resultados. Los ejercicios de intercalibración internacionales (QUASIMEME, QUASH, IAEA) han calificado al Centro Oceanográfico de Vigo entre los mejores de Europa en la determinación de hidrocarburos en el medio marino.

El IEO dispone de una flota de barcos oceanográficos dispuesta a salir al mar a recoger muestras para los estudios científicos.

Tan importantes como estos recursos humanos y materiales son los conocimientos científicos sobre el ecosistema afectado por el vertido, adquiridos durante muchos años en los diversos proyectos de investigación del IEO. El conocimiento previo del estado del ecosistema marino antes de producirse la catástrofe constituye una información básica e imprescindible para poder estimar el impacto causado.

Desde que se tuvo constancia de la magnitud del problema, los equipos de investigación del IEO comenzaron a diseñar la estrategia de estudio para evaluar los efectos del fuel vertido. Entre el 7 y el 12 de diciembre se realizó una primera campaña oceanográfica con el B/O Cornide de Saavedra (Campaña Prestige-Contaminación 1202) para determinar las concentraciones de hidrocarburos en el ecosistema, y entre el 13 y el 22 se realizó una segunda campaña con el mismo buque (Campaña Prestige-Plataforma 1202) para determinar los efectos en la fauna de la plataforma  y la deposición del fuel en los fondos.

Durante el mes de enero está previsto llevar a cabo nuevas campañas de investigación, para conocer la evolución del fuel y sus efectos en aguas, seres vivos y sedimentos.