En la actualidad, el Instituto dispone en la Relación de Puestos de Trabajo de un total de 427 plazas de personal funcionario. De este número, alrededor del 72% corresponde a personal investigador y de apoyo a la investigación, y el 28% restante es personal de apoyo a la gestión, servicios administrativos y tripulantes.

Desde 1995 se han venido convocando becas de formación de investigadores y de ayudantes de laboratorio en ciencias marinas. Hasta el año 1999 estas becas se financiaban parcialmente con presupuestos del Fondo Social Europeo, pero a partir de entonces se financian totalmente con los presupuestos del IEO.

Desde 1995 se han formado en los distintos Centros del IEO un total de 84 investigadores y 35 ayudantes de laboratorio, en diversos temas de formación relacionados con las actividades del organismo. La tutoría de este personal durante el período de formación corre a cargo de investigadores del Organismo.

Por otro lado, el IEO atiende a la formación de diversos becarios financiados por otras instituciones, pero que realizan su período de aprendizaje dentro de los equipos de investigación del Instituto, como becarios del Plan de Formación de Personal Investigador del MEC, becarios de instituciones o fundaciones como Botín, Cajas de Ahorro, Diputaciones Provinciales y Comunidades Autónomas.